Prager Musik-Akademie absolvierte Alena Hönigová mit dem Solistendiplom (Cembalo bei Giedre Lukšaité-Mrázková und Zuzana Růžičková). 1999-2004 schloss sie an der Schola Cantorum Basiliensis ein Aufbaustudium an (Cembalo, Fortepiano bei Andrea Marcon und Edoardo Torbianelli), dass sie mit dem Solistendiplom und wissenschaftlicher Abhandlung und Aufnahme über die Sammlung „Hashirim ascher lischl’lomo“ von Salomone Rossi beendete.
2001 gewann sie mit dem Ensemble La Vinciolina den ersten Preis des Gotha-Wettbewerbs bei Händel Festspielen in Göttingen. 2001-2009 arbeitete sie an der Schola Cantorum Basiliensis als Korrepetitorin. Sie konzertiert als Solistin auf dem Cembalo und Fortepiano, ist aber auch eine gefragte Continuo Spielerin. Sie hat z. B. in Vila Medici in Rom, im Spanischen Saal oder Troja Schloss in Prag, in Musikinstrumentenmuseum in Berlin oder in der Tonhalle Zürich gespielt. Mit dem französischen Ensemble Cronexos bereiste sie Kolumbien, weitere Tourneen und Konzerte führten sie auch nach Türkei, Lettland oder Norwegen.
In den Jahren 2004-2010 organisierte sie eine Konzertreihe in der Leonhardskirche in Basel, an die sie ein Zyklus im Wildt’schem Haus in Basel anschloss. 2006 führte sie die zeitgenössische Oper Esther von Boris Yoffe auf, eine Auftragskomposition von Gilbert Saada. 2011–2015 führte sie eine Konzertreihe im Barockrefektorium des Dominikaner Klosters hl. Jilji in Prag und 2012–2018 war sie Direktorin des internationalen Festivals in Eisenberg, dass Musik der berühmten Kulturhistorie des Schlosses präsentierte. Diese musikalische Tradition setzt sie seit 2019 als künstlerische Leiterin des Festivals Quinauer Musiktage fort.
Sie gab wiederholt Meisterkurse in Tschechien (Valtice, Želiv, Teplice), Slowakei (Košice), Deutschland (Schönhaus) oder Lettland (Rezekne).
Sie spezialisiert sich für Erstaufnahmen der Alten Musik, 2011 gründete sie Alte-Musik-Verlag Koramant Records in Basel. Seitdem publizierte sie eine Reihe von CDs, deren Veröffentlichung umfangreiche Recherchen vorausgehen (F. T. Fröhlich, J. L. Dussek, N. Jommelli, J. J. Rösler).
Das Ergebnis ihrer Forschungen zu Leben und Werk des tschechischen Komponisten J. J. Rösler sind mehrere Noten-Ausgaben (darunter auch das Klavierkonzert in Es-Dur, dessen Manuskript Alena im Archiv des Prager Konservatoriums in Prag entdeckte, Bärenreiter 2018), CD-Aufnahmen (mit der Unterstützung des Staatlichen Kulturfonds der Tschechischen Republik), wissenschaftliche Artikel und Erstaufführungen. Sie initiierte und realisierte auch ein Projekt der Digitalisierung von Röslers Manuskripten im Archiv des Prager Konservatoriums (unterstützt von der Stipendienagentur der Karls-Universität), dessen Ergebnisse sie der Öffentlichkeit auf dem Portal der Petrucci Music Library (IMSLP) zur Verfügung stellte. Derzeit bereitet sie die Veröffentlichung einer Ausgabe von Röslers Katalog vor, ergänzt durch sein Lebensschicksal. Dieses Projekt teilt sie mit der Öffentlichkeit auch durch regelmäßige Live-Streamings.
Alena Hönigová ist Autorin einer Reihe der Radiosendungen des Tschechischen Rundfunks über Barockmusik und über die Lobkowitz Musiker. Außer Label Koramant Records ist Alena auf den Aufnahmen vom Schweizer Radio, Tschechischen Rundfunk, Verlagen Edition du Nopal (FR), Pan Classics (CH) und Ars Musici (DE) zu hören.
