Alena Hönigová vystudovala cembalo na Akademii múzických umění v Praze u Giedré Lukšaité Mrázkové, Zuzany Růžičkové a generálbas u Václava Lukse. V letech 1999 2004 pokračovala ve studiu cembala a fortepiana na Schole cantorum basiliensis (Basilej, CH) u Andrea Marcona, Edoarda Torbianelliho. Svoje studium zakončila sólovým diplomem a hudebně vědeckým pojednání a nahrávkou věnovanou sbírce „Haschirim ascher lischl’lomo“ od Salomona Rossiho.
V roce 2001 vyhrála se souborem La Vinciolina cenu festivalu v Göttingen. Od téhož roku do roku 2009 působila na Schole cantorum basiliensis jako cembalistka a korepetitorka (nastudování dipl. koncertů, korepetice, speciální projekty). Alena koncertuje jako sólistka na cembalo a fortepiano, ale je také vyhledávanou komorní hráčkou. Vstupovala například ve Vile Medici v Římě, v Trojském zámečku v Praze, v Musikinstrumentenmuseum v Berlíně nebo v Tonhalle v Curychu. S francouzským Ensemblem Cronexos procestovala Kolumbii a další turné a koncerty jí zavedly až do Turecka, Lotyšska nebo Norska.
V letech 2004-2010 organizovala koncertní řadu v Leonhardskirche v Basileji, na kterou navázala cyklem roně romantické hudby ve Wildt’sche Haus. Roku 2006 uvedla soudobou operu Esther od Borise Yoffe, zkomponovanou na zakázku Gilberta Saady. V letech 2011–2015 vedla mezinárodní koncertní řadu barokních koncertů v refektoriu dominikánského kláštera sv. Jiljí v Praze, a 2012–2018 byla ředitelkou mezinárodního festivalu Hudební léto v Jezeří, který prezentoval hudbu slavné hudební historie zámku. V této hudební tradici pokračuje jako umělecká vedoucí festivalu Květnovské hudební slavnosti.Alena Hönigová také přednáší a vyučuje na mistrovských kurzech v České republice (Valtice, Želiv, Teplice), na Slovensku (Košice), Německu (Seehaus) nebo v Lotyšsku (Rezekne).
Alena se specializuje na premiérové nahrávky hudby 17.–19. století v duchu historicky poučené interpretace Roku 2011 založila vydavatelství staré hudby Koramant Records (Basilej, CH). Od té doby publikovala řadu CD, jejichž zveřejnění předchází rozsáhlý výzkum (F. T. Fröhlich, J. L. Dussek, N. Jommelli, J. J. Rösler).
Výsledkem jejího výzkumu, věnovaného životě a dílu českého skladatele Johanna Josepha Röslera je několik hudebních edicí (mezi nimi i Klavírní koncert Es dur, jehož autograf Alena objevila v archivu Pražské konzervatoře, Bärenreiter 2018), CD nahrávek (část z nich realizovaná s podporou Státního fondu kultury České republiky), vědecké články i premiéry. Alena iniciovala a zrealizovala projekt (podpořený Grantovou agenturou UK) digitalizace Röslerových manuskriptů v archivu Pražské konzervatoře, jehož výsledky zveřejnila v Petrucci Music Library (IMSLP). V současné době připravuje k vydání edici Röslerova katalogu doplněného Röslerovým životopisem. Tento projekt sdílí s veřejností také prostřednictvím živých online-vysílání.
Alena Hönigová je autorkou řady vysílání pro Český Rozhlas/Vltava o barokní hudbě a hudebnících Lobkovické kapely. Hudební nahrávky zveřejnila u vydavatelství Koramant Records, Schweizer Radio, Český Rozhlas, Edition du Nopal (FR), Pan Classics (CH) nebo Ars Musici (DE).
